Judarna i det tyskockuperade Polen utsattes för en mycket brutal ockupationspolitik. Hårda anti-judiska lagar infördes. På kort tid förlorade judarna alla sina medborgerliga rättigheter och blev fråntagna allt de ägde. De tvångsförflyttades och isolerades i ghetton, varifrån de senare deporterades till förintelselägren. De polska judarna var de första som tvingades bära davidsstjärnan på sina kläder.
De baltiska länderna (Estland, Lettland och Litauen) ockuperades av Tyskland i samband med det tyska anfallet mot Sovjetunionen sommaren 1941. Stor del av judarna i Baltstaterna sköts av tyska Einzatsgruppen, som hade order att avrätta judar och kommunister även i dessa länder. Många judar koncentrerades först till olika ghetton, varifrån de senare hämtades och avrättades i massskjutningar. En mindre del av de baltiska judarna deporterades till förintelselägren och till arbetsläger i Tyskland.
Bulgarien, Rumänien och Ungern var allierade med Tyskland och anti-judiska lagar infördes i alla tre länderna. Den rumänska regering var starkt antisemitisk, men vägrade av politiska skäl att deportera landets judar till förintelselägren. Över hälften av Rumäniens judar mördades istället av rumänska insatsstyrkor och tyska Einzatsgruppen. Judarna i Ungern förblev i fysisk säkerhet fram till mars 1944, då Ungern ockuperades av Tyskland. Under våren 1944 deporterades närmare hälften av Ungerns judar till Auschwitz-Birkenau. Den bulgariska regeringen vägrade att deportera judarna i Bulgarien, som därför överlevde kriget och Förintelsen. Däremot deporterades judar från områdena Trakien och Makedonien, som kom under bulgarisk kontroll under krigsåren.
.
